證據顯示腸道菌對人類健康的影響重大，追求健康的腸道菌相理論上是保持健康的方法之一。但是，「健康」的腸道菌相是否存在、如何定義，目前都沒有確定的答案。
目前已知人類在不同生長階段，都有著不同的因素會改變腸道菌相：
(1)哺乳期：母親的腸道菌相會影響母乳內的抗體，導致新生兒免疫力的改變。
(2)三歲之前：家中有飼養狗、貓還有生長於農村的新生兒，他們腸道菌相的多樣性都更加豐富，也會降低日後氣喘、過敏與肥胖的風險。
(3)三歲之後：幼兒三歲之後的腸道菌相就開始趨近於成人，生活方式主導著腸道菌相的變化，特別是飲食與藥物。
腸道菌被認為是人類得以快速適應多變的現代化生活方式的演化產物，工業化帶來的飲食習慣改變所造成的菌相改變對比於基因的演化來說是相當快速，快速增加了人類對環境的適應力。
科學家目前也正在尋找基因與腸道菌的關聯性，不過由於非洲、東南亞、南美洲的腸道菌相資料仍然缺乏，還需要慢慢累積。
有科學家則希望跳脫菌相的層次，使用代謝物標記(metabolite biomarker)來當作腸道菌相健康與否的判定標準，例如一種叫做 12,13-diHOME 的微生物脂類分子明顯與嬰兒氣喘有高度關聯。
由於健康的定義相當複雜，因此沒有「絕對健康」的腸道菌相，就像不存在完美的基因體一樣；對我來說健康的菌相，可能對你有害也不一定。
發表於 Nature (IF 43.070)