• 2021-01-15

單細胞RNA定序(single cell RNA-seq，scRNA-seq)為目前觀察真核生物基因表現的重要工具，但當前的方法並不適用於細菌。 本篇研究發表了microSPLiT，是一種可用於觀察細菌轉錄體(transcriptiome)的高通量scRNA-seq方法，有效釐清樣本中各生長階段的細菌轉錄情形(heterogeneous transcription)。 研究人員利用microSPLIT從各種生長階段、超過25,000個枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis)細胞，重

• 2020-12-31

動物實驗已表明腸道菌可能影響黑色素瘤患者對於anti-PD-1免疫療法的反應率(responsive rate)。本試驗納入10位對於anti-PD-1治療無效的患者，發現FMT可改善部分患者(3位)對於anti-PD-1的治療效果，其中1位腫瘤甚至完全消除(complete response)，且安全性良好。 本試驗顯示，FMT治療與腸道菌相改變和腫瘤微環境中的免疫細胞浸潤和基因表現的改善相關，FMT菌相及腫瘤微環境需相互配合才能發揮效果。 發表於 Science (IF 41.845)

• 2020-12-18

血癌病人經過放射線(radiation)、化療(chemotherapy)和異體造血幹細胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation，俗稱骨髓移植)後，會引起體內免疫細胞和微菌群的大量變化。 美國紐約紀念斯隆—凱特琳癌症中心(Memorial Sloan Kettering Cancer Center)於2003-2019間追蹤了2,235位血癌患者於治療後的白血球(white blood cell，WBC)動態變化、腸道菌相與臨

• 2020-12-11

你我血液中含有各式各樣的代謝物(metabolite)，統稱為血清代謝物。這些代謝物含有生物標記(biomarker)或致病因子，可能來自於宿主(endogeneous)也可能源自於外界環境(exogenous)，甚至還有些代謝物具有遺傳性，與基因息息相關。然而，我們對於影響(或決定)這些代謝物濃度的關鍵因素了解甚少。 研究人員根據475名健康人(由491位參與者挑出)的血清樣本，共1251種血清代謝物的資料，應用了機器學習(Gradient-Boosted Decision Trees，GB

• 2020-12-04

腦膜中的漿細胞(plasma cell)位於硬膜竇(dural sinuses)周遭，能分泌抗體—免疫球蛋白A(IgA)—來保護大腦，抵抗致病菌感染。IgA通常在腸道內膜或鼻子、肺部內膜中生成，可保護粘膜系統及與環境接觸的表面。 漿細胞分泌IgA的能力受腸道菌群影響，在無菌鼠或抗生素處理後的老鼠腦中都發現IgA濃度明顯減少，若重新FMT人類腸道菌群或單一菌種，都能恢復腦部IgA水平。另外，腦部IgA B-細胞受器(B-cell receptor)有21.5%與腸道重疊，推測有部分漿細胞源自於腸

• 2020-11-27

研究發現結腸(colon)內的菌群和糞便物質會依序被近端(proximal)和遠端(distal)結腸所分泌的黏液(mucus)包裹住，形成一個個封閉的糞團。 其中，近端結腸分泌的富含O-聚醣(O-glycan)的黏液，不僅提供菌群生態利基(niche)、屏蔽與腸黏膜(mucosa)的接觸，同時還會調節腸腔(lumen)菌相組成、腸黏膜層的基因表現與代謝物成分，在維持宿主與菌群的健康平衡具有關鍵作用。 發表於 Science (IF 41.845)原文: https://science.sc

• 2020-11-20

庫佛氏細胞 (Kupffer Cells，KC) 又稱為肝巨噬細胞，是位於肝臟血管中的特殊巨噬細胞，負責殺滅血液中的病原體。 小鼠實驗發現，KC的功能需要腸道菌群代謝物D-乳酸才能正常運作；在無菌小鼠和抗生素處理小鼠中，由於缺少這種腸肝軸線(gut-liver axis)的對話，導致由KC組成的肝臟「免疫防火牆」失效，導致血液內的病原體無法有效清除，引起感染擴散；若給無菌小鼠補充D-乳酸或定植可產生D-乳酸的腸道菌，則可恢復KC清除病原體的作用。 因此，腸道菌群對於肝臟免疫防火牆的正常運作具

• 2020-10-23

本研究納入30位大腸癌患者，分析了術前、術後1天、術後10-14天的血液菌相變化。透過控制組的設計發現汙染(contamination)對於菌相結果的影響極小。根據qPCR結果發現，患者血液菌量在術後1天有些微增加，其餘時間點無差異；血液菌相多樣性在術後則是卻明顯降低。 至於血液菌相組成雖有列出差異，但是礙於腸癌位置不同與麻醉時會使用抗生素等不可抗力因素，這些菌叢差異與大腸癌或手術關聯性仍有待研究。有趣的是，在術後血液中有偵測到大腸癌的關聯菌Fusobacterium nucleatum。

• 2020-10-16

越來越多證據顯示，孕母因為感染、飲食變化和孕期壓力所導致的腸道菌群失調(dysbiosis)會影響寶寶的腦功能與出生後的感官行為。 此研究利用小鼠實驗發現，孕母的腸道菌群的耗竭會影響胎兒的大腦神經發育，改變神經元新軸突形成的基因表現，導致連接大腦視丘與皮層的軸突數量與長度減少。 在代謝體分析顯示，孕母腸道菌群可調節血清中代謝物的含量；透過神經元的體外培養發現，許多小分子代謝物會促進軸突的數量與長度；給孕母補充相關代謝物後，胚胎的軸突發生與寶寶出生後的感知行為都恢復正常。 因此，孕母的腸菌代

• 2020-10-08

新生兒的腸道菌相是影響健康發育的關鍵。研究已知自然產比剖腹產的嬰兒具有更類似於母體的腸道菌相，且不易受到致病菌感染。 由於剖腹產寶寶的腸道菌相容易呈現失衡狀態 (dysbiosis)，因此本篇研究使用腸道微菌叢移植來評估孕母的腸道菌相是否有助於剖腹產寶寶的腸道菌叢發展。 研究人員共延攬了七位母親與她們的寶寶，並追蹤三個月，發現孕母的腸道菌叢移植可以幫助剖腹產寶寶的腸道菌相趨近於自然產寶寶。 這項研究證明，透過母親的腸道菌叢移植，剖腹產寶寶可在出生後恢復正常的腸道菌相。 發表於 Cell

• 2020-09-25

抗生素治療會降低腸道菌相多樣性，而且各病人的復原速度也有差異。 作者分析 117 人的 500 多個腸道菌相，發現其中有 21 種 "重點菌種 (keystone species)" 與促進抗生素治療後的腸道菌群恢復有關，這些菌種多能利用動、植物的複雜多醣生成能量，可幫助其他腸道菌叢的成員生長。 為驗證上述結果，透過小鼠實驗發現重點菌種中的一級菌種多形擬桿菌 (Bacteroides thetaiotaomicron) 的確比三級菌種青春雙歧桿菌 (Bifidobacterium adolesc

• 2020-08-28

突變的p53是常見致癌原因之一，但觀察發現突變的p53在小腸中仍有抑制癌症的功能，在大腸則導致癌症發生。  意外的是，透過迴腸類器官(ileum organoid)代表大腸，在體外(in vitro)研究發現突變的p53仍可驅動正常分化，說明腸道內的微環境改變了突變p53的功能；但正常小鼠(WT)與突變p53小鼠(R174H)的腸道菌相並無明顯差異。 後來代謝體分析找到了沒食子酸(gallic acid)是造成此現象的物質。 沒食子酸是一種酚酸，具有抗氧化效果，可由水果(例如草莓、葡萄、香